Sau những trận lũ quét xảy ra vào năm 1990 và năm 1992, tỉnh lị Lai Châu (cũ) được chuyển về huyện Điện Biên. Từ thị trấn cấp huyện, lòng chảo Mường Thanh trở thành trung tâm chính trị – kinh tế – văn hóa – xã hội của tỉnh. Ngày 2/12/1993, UBND tỉnh Lai Châu (nay là tỉnh Điện Biên), ra Quyết định số 294/QĐ-UB, về việc nâng cấp Bệnh viện Đa khoa huyện Điện Biên thành Bệnh viện Đa khoa tỉnh, với tên gọi “Bệnh viện Đa khoa Điện Biên Phủ”, trực thuộc Sở Y tế.

     Bắt đầu từ ngày 1/1/1994, Bệnh viện Đa khoa Điện Biên Phủ chính thức đi vào hoạt động, có chức năng là bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh, quy mô 110 giường bệnh gồm 97 cán bộ. Do tiếp nhận cơ ngơi từ một bệnh viện tuyến huyện, ngày đầu thành lập, Bệnh viện Đa khoa Điện Biên Phủ gặp không ít khó khăn. Nguồn nhân lực thiếu trầm trọng, cơ sở vật chất chật hẹp, thuốc men thiếu thốn, trang thiết bị hầu như không có gì. Được sự quan tâm đầu tư của UBND tỉnh, Bộ Y tế, Bệnh viện từng bước được đầu tư xây dựng, nâng cấp một số khoa, phòng và mua sắm thêm thiết bị kỹ thuật, cùng các phương tiện, dụng cụ phẫu thuật, xe cứu thương.v.v... Đội ngũ cán bộ viên chức được chú trọng đào tạo; nhiều bác sỹ, kỹ thuật viên, điều dưỡng, nữ hộ sinh có trình độ và năng lực chuyên môn giỏi ở các cơ sở y tế được điều về tăng cường nguồn lực cho Bệnh viện. Ngày 28/8/1999, UBND tỉnh ra quyết định đổi tên Bệnh viện Đa khoa Điện Biên Phủ thành Bệnh viện Đa khoa tỉnh Lai Châu theo quyết định số 48/1999/QĐ-UB của UBND tỉnh Lai Châu (nay là tỉnh Điện Biên).

     Bệnh viện đa khoa tỉnh Điện Biên hiện nay được khởi công xây dựng từ tháng 10 năm 2001 hoàn thành và đưa vào sử dụng từ tháng 04 năm 2004 với quy mô 350 giường bệnh. Bệnh viện được nâng từ hạng III lên hạng II theo Quyết định số 16/2004/QĐ-UB ngày 16/4/2004, Bệnh viện được công nhận xếp hạng hạng I kể từ ngày 26/10/2016 theo Quyết định số 1311/QĐ-UBND của UBND tỉnh Điện Biên về việc công nhận xếp hạng I đối với Bệnh viện đa khoa tỉnh trực thuộc Sở Y tế tỉnh Điện Biên và hiện là bệnh viện tuyến chuyên môn cao nhất trong tỉnh.

     Qua 29 năm hình thành và phát triển đến nay, Bệnh viện đa khoa tỉnh Điện Biên đã trở thành một cơ sở khám chữa bệnh hạng I tuyến tỉnh trực thuộc Sở Y tế với quy mô giường bệnh được giao năm 2023 là 650 giường kế hoạch; 790 giường thực kê. Bệnh viện gồm có 32 khoa, phòng và 01 Trung tâm trực thuộc (25 khoa, 07 phòng chức năng và 01 Trung Tâm Huyết Học – Truyền Máu).